صنعت کشتیرانی همچون سایر اشکال حمل و نقل آثار زیانباری را به‌دنبال دارد، به‌طوری‌که علاوه بر از بین بردن حیات جانوری در آب‌های آزاد، زندگی خود را نیز در معرض خطر قرار می‌دهد.

اگرچه با اجرای برجام، تحریم‌های صنعت کشتیرانی ایران لغو شدند اما باخروج امریکا از برجام در سال 97، دوباره این صنعت در لیست سیاه تحریم‌های امریکا قرار گرفت و بسیاری از شرکت‌های بزرگ مرتبط با این صنعت مبادلات تجاری خود با کشتیرانی ایران را قطع کردند البته به گفته مقامات و مسوولان حوزه بندری و همچنین کشتیرانی، تحریم‌های امریکا مانند تحریم‌های شورای امنیت الزام‌آور و فلج‌کننده نیستند.